有学者指出，要鉴别真伪，关键在于搞清《清明上河图》别本产生初始的情况，及其历史流传的脉络，方能还各本以历史本来面目 。 据有关文献资料分析，《清明上河图》别本最初发现于元代，当时有“秘府本”与“似本”两幅 。 当时，杨准跋文中称：“图初留秘府，后为官匠装池者以‘似本’易去 。 ”就是上面说到的元代时，装裱匠以临摹本偷换了真迹，这临摹本后称“似本”，实为元代作品，显然是赝品 。 到了明代，又出现张英公收藏的“稿本” 。 王世贞《弁州山人四部稿续稿》卷一六八《清明上河图别本跋》说到，张择端的“稿本”，“于禁烟光景亦不似” 。 清明寒食，民俗禁烟，“不似禁烟光景”就是说画得不是清明时节，或许是张择端此画的早期手笔 。
先来看台湾的《清明易简图》 。 沈德潜《清明易简图疏解》记：“张择端清明画图，本有二幅，一在张英公家者，名《上河图》，有张著跋；一留汴京者，无跋，意即《易简图》也 。 ”沈氏明确告之，《清明易简图》是张公英所收藏的“稿本”之外的另一本《清明上河图》 。 而“秘府本”真迹如果在明末的灭顶之灾中失传，那么《清明易简图》最多是元代的“似本”，元人苏舜举在元贞元年(1295)首跋《易简图》时，就开宗明义道：“清明易简新图成 。 ”说明它是新近画就的，图中还可见一些元代事物：如元代独有的官方文化机构“奎章阁”，棉纺技术经黄道婆改良后才传到北方的“吴淞细密花布”等 。 所谓张择端的亲笔题款一事，实是不可信的，主要是“翰林画史”之称，宋画院并无此官称；刘渊临把张择端称为金人，而金朝也无此官称 。 尤其是其画上还有“金太祖题字”，从时间上就可看出这在作假，所以清乾隆题跋时就一针见血地指出：“盖出于庸手妄作 。 ”尤其是整部画的风格，经仔细比较，与宋代画院风格截然不同 。 所以判断台湾的《清明易简图》基本是赝品，至于是元代作品，还是明代作品，学术界还有争论 。
再看北京故宫的《清明上河图》，除了上述题跋、印鉴、画风诸证据外，其画面上却出现了扇子、西瓜、新酒、光身儿童、遮阳草帽等显然是秋天的景色，恰如上述“于禁烟光景亦不似”的特点，那就有可能是“稿本” 。 此画还不见有宋徽宗瘦金体的签题和他的双龙小印之印记，那么是因为此“稿本”没有呈现给皇帝，还是年代久远，赏玩时时磨坏而在装裱时被裁割了呢？然而也有学者不同意它描绘的是秋景(详后谜)，并认为它就是真迹 。 指出判断真伪几个关键是：一看城墙画得如何？宋代东京的内城与外城均为土墙，只有北京《宝笈三编》本画的是土墙，其他各本均为砖墙 。 二看虹桥画得如何？据《东京梦华录》载，此桥是木结构的单孔桥，“其桥无柱，皆以巨木虚架……宛如飞虹” 。 也只有北京《宝笈三编》本属于这一桥式，其他图本均为大型单孔石拱桥 。 三看城楼画得如何？北京《宝笈三编》本仅画城楼，并无瓮门，类似东京内城之制；其他图本均有瓮城，不符合东京外城之制 。 四从绘画风格上看，只有北京《宝笈三编》本符合宋代画院的笔法 。 以上诸点，可以证明北京《宝笈三编》本就是张择端的真迹，不过这并没有得到学术界的普遍承认 。
关于美国纽约收藏的“元秘府本”，董作宾进行了详尽考释，根据徽宗瘦金体题跋，认定该图是张择端“宣和二年七月”之前进献皇帝的真迹 。 不过也有学者认为它是《清明上河图》的晚期赝品，其题跋与别本往往有些许不同，但也难辨真伪 。 学者那志良1977年出版的《清明上河图》研究成果，对台湾、北京、美国纽约三个版本进行了认真的比较研究，最后还是不敢肯定哪个是张择端的真迹 。
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